無菌室一般是在微生物實驗室內專辟一個小房間。可以用板材和玻璃建造。面積不宜過大,約4—5平方米即可,高2.5米左右。無菌室外要設一個緩沖間,緩沖間的門和無菌室的門不要朝向同一方向,以免氣流帶進雜菌。門多用推拉式,便于快速啟閉。無菌室和緩沖間都必須密閉。室內裝備的換氣設備必須有空氣過濾裝置。無菌室內的地面、墻壁必須平整,不易藏污納垢,便于清洗。
工作臺的臺面應該處于水平狀態。無菌室和緩沖間都裝有紫外線燈,無菌室的紫外線燈距離工作臺面1米。工作人員進入無菌室應穿滅過菌的服裝,戴帽子。當前無菌室多存在于微生物工廠,一般實驗室則使用超凈臺。在條件較困難的地方,也可以用木制無菌箱代替。無菌箱結構簡單,便于移動,箱正面開有兩個洞,不操作時用推拉式小門擋住,操作時可以將雙臂伸進去。正面上部裝有玻璃,便于在內部操作,箱內部裝有紫外線燈,從側面小門可以放進去器具和菌種等。
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